Le musée du site des bateaux de Butuan se trouve à Barangay Libertad, dans la ville de Butuan, au sein du paysage archéologique associé au Butuan Boat 1. Il ne faut pas le confondre avec le musée régional du National Museum of the Philippines–Butuan, situé à Barangay Doongan. La distinction compte pour organiser le transport : le National Museum gère les deux établissements, mais visiter les galeries urbaines ne mène pas automatiquement au terrain de fouille des bateaux.
Le National Museum indique que des vestiges archéologiques ont été rencontrés à Butuan dans les années 1970 lors de travaux sur un système de rivière artificielle. Les fouilles suivantes ont révélé des bateaux anciens dans des dépôts gorgés d’eau. Le musée régional a été créé en 1978 et le musée de site a été construit en 1980 à Ambangan, Libertad. Un musée implanté sur le site relie les objets au terrain qui a livré les preuves, au lieu de les détacher entièrement de leur paysage.