Le musée, souvent appelé sanctuaire Balangay, protège à Libertad le lieu de fouille et les restes du bateau de Butuan 1. Les embarcations furent découvertes dans les dépôts gorgés d’eau d’un ancien système fluvial dans les années 1970. Leur conservation fournit une rare preuve matérielle de navires en planches et inscrit les communautés philippines précoloniales dans les réseaux maritimes d’Asie du Sud-Est.
Le Musée national date les bateaux les mieux connus de la fin du VIIIe au début du Xe siècle. Des planches façonnées étaient jointes bord à bord avec tenons et ligatures internes, tradition partagée dans l’Asie du Sud-Est insulaire. Ce ne sont pas de simples pirogues monoxyles, et un bateau ne prouve pas toutes les affirmations faites plus tard autour du mot moderne « barangay ».