L'abbaye est classée monument historique par la liste de 1862, qui sauve les principaux monuments historiques de France.

Le site est inscrit deux fois sur la liste du patrimoine mondial de l'UNESCO : une fois en 1979 sous le titre "Le Mont Saint-Michel et sa baie" et une seconde fois en 1998 dans le cadre des "Chemins de Compostelle en France". Il appartient à l'État français et est géré par le Centre des monuments nationaux.

L'architecture du Mont-Saint-Michel et sa baie en font le site touristique le plus fréquenté de Normandie et l'un des dix plus visités de France avec près de deux millions et demi de visiteurs chaque année.

Une statue de saint Michel placée au sommet de l'église abbatiale s'élève à 157,10 mètres au-dessus du rivage.

En 2019, la ville comptait 29 habitants, appelés Montois. L'îlot du Mont Saint-Michel est devenu au fil du temps un élément emblématique du patrimoine français.

Avec l'avènement du christianisme dans la région, vers le IVe siècle, le Mont Tombe fait partie du diocèse d'Avranches, dont les limites correspondent à l'ancien territoire des Abrincates. Au milieu du VIe siècle, le christianisme prend véritablement racine dans la baie. Les ermites Saint Pair et Saint Scubilion fondèrent une chapelle dédiée au premier martyr chrétien, Saint Etienne, élevé à mi-hauteur du rocher, et une seconde en l'honneur du premier martyr d'Autun, Saint Symphorien, élevé au pied du rocher.

En 1960, Yves-Marie Froidevaux, architecte en chef des monuments historiques, trouve à l'est de la chapelle Notre-Dame-Sous-Terre un mur cyclopéen qui pourrait constituer les vestiges de l'oratoire construit en 708 par saint Aubert. Ce sanctuaire serait une chapelle reliquaire qui abriterait le tombeau du fondateur, Aubert, et les reliques phares rapportées du Mont-Gargan ou inventées (pierre à l'empreinte, cape, bouclier, épée, disparue à la Révolution). La chapelle aurait donc remplacé l'oratoire primitif.

Les premières constructions sont insuffisantes et à l'époque carolingienne d'importants bâtiments sont érigés autour desquels se répartissent les cellules individuelles des moines. Tout au long du Moyen Âge, il fut couramment surnommé Mons Sancti Michaeli in periculo maris par les clercs avant que le nom de « Mont-Saint-Michel » ne s'impose progressivement.

Lorsque Richard I "sans peur", fils de Guillaume Longue-Épée, lui succède comme duc de Normandie, il prend la résolution, après l'approbation du pape Jean XIII et du roi Lothaire, de remplacer la collégiale du Mont par un monastère (un monastère) lorsque des bénédictins s'installent à la place des chanoines de Saint Aubert, comme le mentionne l'Introductio monachorum ("l'installation des moines"), traité composé vers 1080-1095 par un moine du Mont-Saint-Michel cherchant à défendre la thèse de l'indépendance du monastère vis-à-vis du pouvoir temporel.

Entre l'an 1009 et vers 1020, le territoire entre Sélune et Couesnon est conquis aux Bretons, faisant définitivement du Mont Saint-Michel une île normande. Ces conflits n'empêchent pas les ducs de Bretagne Conan le Tort, mort en 992, et Geoffroy Ier, mort en 1008, d'être inhumés, en tant que bienfaiteurs, au Mont-Saint-Michel.

Cette conquête par les souverains normands sera décisive pour l'avenir de l'abbaye. Les nouveaux seigneurs de Normandie sont donc prêts à donner des gages à l'Église pour montrer qu'ils sont devenus de bons chrétiens, élément essentiel tant dans leurs relations avec leurs populations qu'avec celles de la couronne de France. Le financement des monastères et des églises, et en particulier de l'abbaye du Mont Saint Michel, offre donc une parfaite opportunité de redorer son blason et de se montrer défenseur et promoteur de la religion chrétienne sur son territoire. La croissance du Mont sous souveraineté normande sera donc le fruit d'enjeux très politiques.

Dans la première moitié du XIIe siècle, les bénédictins du Mont-Saint-Michel auraient eu, selon plusieurs historiens, une grande influence sur le développement intellectuel de l'Europe en traduisant directement Aristote du grec ancien en latin ; les plus anciens des manuscrits des œuvres d'Aristote, en particulier les Catégories, datent des Xe et XIe siècles, c'est-à-dire avant que d'autres traductions ne soient faites à Tolède à partir de l'arabe, ou en Italie.

En 1204, le roi de France, Philippe II, ayant franchi la frontière normande avec une armée, son allié, Guy de Thouars, le nouveau bailliste duc de Bretagne, attaque Avranchin à la tête d'une armée bretonne. Le Mont-Saint-Michel est le premier point vers lequel se dirigent les efforts de Guy de Thouars avant de récupérer Avranchin et le Cotentin. Après de longs et vains efforts, Guy de Thouars, désespéré de prendre le contrôle de l'abbaye, dont les fortifications ont résisté aux attaques bretonnes, se retire, laissant la ville brûler. La ville est saccagée et les Montois massacrés, quel que soit leur âge ou leur sexe. Le désastre se développa avec une telle violence que les flammes, se précipitant au sommet de la montagne, débordèrent sur l'abbaye, réduisant presque tous les bâtiments en cendres.

Felipe II ressentit la plus grande douleur de ce désastre et, voulant effacer les traces de ce malheur, il envoya à l'abbé Jordan une importante somme d'argent destinée à réparer ces ravages. Ce sont les abbés Jourdain et Richard Tustin qui entourèrent l'abbaye d'une première enceinte fortifiée. De ces ouvrages subsistent des vestiges : la Belle Chaise, la tour octogonale des Corbins au bout de la Merveille et les remparts nord, au-dessus de la forêt abbatiale. De la même époque datent la tour des Fanils, la tour de guet de la Pilette et à l'ouest les murs qui entourent la rampe d'accès qui sert de seconde entrée au Mont.

Reconstruit dans le style architectural normand, avec des abaques à chapiteau circulaire, des écoinçons en pierre de Caen, des motifs végétaux, etc., le cloître de La Merveille est achevé en 1228.

En 1386, Pierre Le Roy est élu abbé et ordonne la construction de la tour Perrine, la barbacane crénelée à double accès fermée par des vantaux basculants, le Grand Degré et la tour Claudine qui la surveille, et le Châtelet. Après la bataille d'Azincourt, le nouvel abbé, Robert Jollivet, fait construire à partir de 1417 un mur d'enceinte pour protéger la ville, ainsi qu'une grande citerne taillée "dans la roche vive" derrière l'abside de l'abbaye en 1418 pour alimenter le Mont en eau fraîche. l'eau.

En 1419, Rouen tombe aux mains des Anglais. Charles VII nomma Jean VIII d'Harcourt capitaine du Mont pour faire face au risque d'une invasion anglaise. Le Mont est alors le seul site de Normandie qui résiste encore aux Anglais qui l'assiègent entre 1423 et 1440, établissent un blocus par terre et par mer et construisent deux bastilles à Tombelaine et Ardevon.

Jean d'Harcourt est tué à la bataille de Verneuil en août 1424 et est remplacé par Jean de Dunois. Les moines du Mont renforcèrent ses défenses avec leurs fonds propres, récoltant une partie de leur argenterie religieuse pour être fondue dans l'atelier d'argent installé sur le Mont par le roi depuis 1420. Les Anglais renforcèrent Tombelaine. Louis d'Estouteville remplaça Jean le 2 septembre 1424, et ce dernier retira de la ville, le 17 novembre 1424, les femmes, les enfants et les vieillards.

En 1433, lorsqu'un incendie détruit une partie de la ville, les Anglais en profitent pour attaquer l'abbaye. Thomas de Scales lance le 17 juin 1434, à marée haute et basse, avec artillerie et machines de guerre, une offensive majeure sur le mont. Pendant le long siège de 30 ans, l'abbaye-forteresse n'est défendue en permanence que par une vingtaine de personnes, l'assaut de 1434 ne compte plus que 2 000 Anglais. Cette dernière attaque des Anglais, au cours de laquelle l'armée de Thomas Scalles se rendit aux bombardements (deux de ces pièces d'artillerie, les fameuses "Michelettes", sont visibles à l'entrée du Mont-Saint-Michel), après quoi ils se contentèrent de les observer depuis Tombelaine et ses bastilles. Depuis,

Symbole national de la résistance contre les Anglais, le prestige de l'abbaye a cependant décliné depuis le XIIe siècle, perdant son intérêt militaire et religieux (le système d'encomienda institué en 1523 par le roi de France finit par ruiner l'abbaye), bien que la rois, ils continuent de venir en pèlerinage au mont. Lors des Guerres de Religion les Huguenots tentent de s'emparer de ce fief de la Ligue Catholique en 1577, 1589, 1591. Sous l'Ancien Régime, le mont devient un lieu de détention pour diverses personnes emprisonnées sous différentes juridictions : des légendes prétendent que les Abbés établirent des donjons dès le XIe siècle. Il existe des témoignages d'une prison d'état sous Louis XI qui fit installer une jeune fille dans la maison abbatiale romane, une cage de bois et de fer suspendue sous un caveau.

L'assouplissement des mœurs (certains moines vivent avec femmes et enfants) malgré la réforme de 1622 par les mauristes et le manque d'entretien amènent Louis XV, en 1731, à transformer une partie de l'abbaye en prison d'état. Elle a gagné son surnom de "bastille des mers" où Victor Dubourg de La Cassagne ou Desforges ont été emprisonnés. En 1766, l'abbaye-forteresse tombe en ruine. A la fin du XVIIIème siècle, l'abbaye n'abritait qu'une dizaine de moines. Paradoxalement, cet usage carcéral sauva ce grand témoignage de l'architecture religieuse car de nombreuses abbayes devenues biens nationaux en 1789 furent rasées, vendues à des particuliers, transformées en carrières ou ruinées faute d'entretien.