Le fort Santiago occupe un point stratégique d’Intramuros, là où le Pasig rejoint la baie de Manille. Cette position explique pourquoi différents pouvoirs en ont fait une place militaire, mais son histoire précède les murailles de pierre. L’administration d’Intramuros indique que le fort espagnol de 1571 remplaça une palissade liée à l’ancienne Maynila de Rajah Sulayman. Le site appartient donc à une histoire plus vaste du front de mer et du pouvoir à Manille.
Les premières défenses espagnoles étaient faites de bois et de terre. Elles furent détruites lors de l’attaque de Limahong en 1574, puis le fort fut reconstruit en pierre entre 1589 et 1592. Un séisme l’endommagea en 1645 et entraîna des réparations et des extensions. Ces dates aident à comprendre les murs visibles aujourd’hui : il ne s’agit pas d’un ouvrage intact, mais d’un ensemble défensif transformé par les conflits, les reconstructions et les besoins militaires.