Le musée réunit sculptures, terres cuites, céramiques, monnaies et fragments architecturaux du paysage identifié à la capitale de Majapahit. De la fin du XIIIe au début du XVIe siècle, le royaume fut une puissance politique et commerciale de l’Asie du Sud-Est maritime. Les collections éclairent portes, bassins, temples et fondations de briques voisins.
En 1924, l’architecte Henri Maclaine Pont et le régent Kromodjojo Adinegoro fondèrent l’Oudheidkundige Vereeniging Majapahit ; le musée ouvrit en 1926. Collections et bâtiments évoluèrent avec guerre, réorganisations et fouilles. Il est aussi appelé Centre d’information Majapahit.
