Yaxchilan est une ancienne cité maya située à l'est de l'État du Chiapas, au Mexique. Le site archéologique se trouve dans une boucle en fer à cheval du fleuve Usumacinta, qui fait office de frontière naturelle entre le Mexique et le Guatemala.

Le site a été appelé Yaxchilán par l'archéologue Teobert Maler, au début du xx siècle. Selon Carolyn E. Tate, il aurait choisi d'assembler les mots mayas "yax" (vert) et "tsilan" (ce qui est éparpillé), pour former le toponyme Yaxchilán, qui signifiait donc selon Maler «pierres vertes» en langue maya, en référence à la couleur verdâtre des pierres couvertes de mousse ou d'algues qu'il avait observées dans le lit de la rivière qui se jette dans l'Usumacinta au-dessus de la ville en ruine.

Le site a également été appelé Menché et Lorillard Ville (une idée de Désiré Charnay en l'honneur de Pierre Lorillard qui avait contribué à financer ses expéditions dans la zone maya).

Selon les recherches du mayaniste Simon Martin, le nom antique de la ville serait Pa' chan (littéralement « ciel coupé »), et peut être interprété comme une référence mythologique (allusion à la naissance du dieu du maïs K'awiil) ou comme une métaphore du lever de soleil.

Il y a peu d'informations concernant les premiers souverains, hormis leur nom. Yopaat Bahlam I, fondateur d'une longue dynastie, est monté sur le trône le 2 août 320 alors que Yaxchilan était encore un site mineur. Il a dominé de plus petits sites tels que Bonampak, et a été longtemps en guerre avec Piedras Negras, qui lui disputait le contrôle de la route commerciale de l'Usumacinta5 et, au moins pendant un certain temps, avec Tikal ; c’était une ville rivale de Palenque, avec lequel Yaxchilan a fait la guerre en 654. La ville-État est devenue une capitale régionale et la dynastie a duré jusqu'au début du ixe siècle.

La première stèle connue de Yaxchilán date du règne de Yeux noués-Jaguar I. Elle célèbre la fin d'un katun en 514. Plusieurs fois victorieux au cours de guerres contre Bonampak, Piedras Negras et même Tikal, il finit cependant par être capturé par le souverain de Piedras Negras aux environs de 518.

Yaxchilán atteignit le faîte de sa puissance pendant le long règne du roi Itzamnaaj Bahlam III, mort à plus de 90 ans en 742. La plupart des monuments que l'on voit actuellement sur le site datent de son règne et de celui de son fils Oiseau-Jaguar IV. Ce dernier n'a succédé à son père qu'au bout de dix ans, en 752. Cette période obscure, que l'on appelle l'« interrègne », n'a cessé d'intriguer les archéologues. Au cours de cette période, un monument de Piedras Negras, la rivale de Yaxchilán, mentionne un souverain de cette dernière, Yopaat Bahlam II, en visite à Piedras Negras en 749. Son nom n'apparaît par contre nulle part dans les inscriptions de Yaxchilan, ce qui pourrait indiquer qu'à cette époque Yaxchilan était soumise à Piedras Negras, chose qu'on préféra passer sous silence sous ses successeurs. Par ailleurs Oiseau-Jaguar IV n'était que le fils de la troisième épouse de son père, une dame originaire de Calakmul. Tout semble donc indiquer que l'interrègne correspond à une période de crise à Yaxchilán, ce que confirment les monuments érigés par Oiseau-jaguar IV, dont le but est de souligner sa légitimité et le statut de sa mère. Parmi ses nombreuses activités constructrices figure notamment le réaménagement de la grande place. Oiseau-Jaguar IV fut non seulement un constructeur mais également un souverain guerrier, ce que souligne un titre qu'il affectionne : « aj k'al baak », c'est-à-dire « celui de vingt captifs ».