Yaxchilán se trouve sur la rive mexicaine de l’Usumacinta, dans le Chiapas, au cœur de la forêt lacandone. Contrairement aux zones archéologiques directement accessibles par la route, l’itinéraire habituel s’achève à Frontera Corozal, où une embarcation remonte le fleuve jusqu’aux ruines. Le trajet fait partie de l’expérience : les bâtiments apparaissent dans un paysage fluvial verdoyant et le cours d’eau qui structura la cité ancienne continue de déterminer l’arrivée des visiteurs.
Le plan de Yaxchilán répond à son environnement. La Grande Place occupe une terrasse naturelle au bord du fleuve, tandis que les grandes acropoles et l’acropole occidentale s’élèvent sur des collines calcaires au sud. Places, temples et ensembles résidentiels ou cérémoniels en hauteur forment un paysage urbain lié. L’échelle se comprend mieux à pied : des escaliers et des sentiers relient les bâtiments au-dessus du niveau de l’eau, plutôt que depuis un unique point de vue éloigné.