Au pied de la colline de l’ancienne citadelle de Thèbes, le Musée archéologique rassemble des objets issus d’une région dont l’histoire est souvent éclipsée par la place de la ville dans la mythologie grecque. Les salles proposent une autre porte d’entrée : des témoignages qui traversent la Béotie, des communautés préhistoriques jusqu’aux périodes byzantine et post-byzantine. Le musée ne raconte donc pas seulement Thèbes, mais aussi les villes, sanctuaires, ateliers et nécropoles qui ont façonné ce territoire.
Le musée actuel a été entièrement réorganisé et a rouvert en 2015. Le ministère grec de la Culture décrit des collections comprenant des découvertes remarquables de toute la Béotie, notamment des sceaux-cylindres mis au jour dans la « Salle du Trésor » du palais mycénien de Thèbes, ainsi que des larnakes en argile peinte de Tanagra. Le ministère précise que ces cercueils décorés n’ont pas de parallèle connu parmi les découvertes de la Grèce continentale. Leur intérêt tient au lien qu’ils établissent entre pratiques funéraires, choix artistiques et histoire locale, sans réduire la visite à la seule mythologie.