Atapuerca est une commune de 162 habitants (2019), située au nord de l’Espagne, dans la comarque de El Arlanzón, dans la communauté autonome de Castille-et-León, province de Burgos. Il appartient à la mancomunidad Del Arlanzón / Rios Arlanzón y Vena. Atapuerca est aussi le nom du chef-lieu du municipio.
Le territoire de la commune est connu, en particulier, pour les importants vestiges préhistoriques humains qui y ont été trouvés à partir de 1976.
Le chef-lieu Atapuerca se trouve sur le Camino francés du pèlerinage de Saint-Jacques-de-Compostelle.
