Le château de Joux occupe un éperon rocheux dominant la Cluse, un passage naturel étroit du Jura, près de Pontarlier et de la frontière suisse. Cette situation explique pourquoi plusieurs pouvoirs ont investi le site au fil des siècles : contrôler ce corridor, c’était surveiller une voie empruntée par les soldats, les marchands et les voyageurs entre l’intérieur de la France, la Suisse et l’Italie. Depuis les remparts, le paysage n’est pas qu’un décor ; il est la raison d’être de la forteresse.
La première mention écrite recensée par l’histoire officielle du château remonte à 1034. À cette époque, Joux était probablement un ouvrage modeste, loin du vaste ensemble actuel. Les seigneurs locaux l’agrandirent à mesure que progressaient leur pouvoir et leurs ressources. Il passa ensuite entre les mains des ducs de Bourgogne puis de la Couronne d’Espagne, dont les intérêts militaires dépendaient toujours du même rocher escarpé et de la même vallée resserrée.